Silver es un erizo proveniente del futuro (unos 200 años de diferencia de la época de Sonic), que junto con su amiga Blaze intenta averiguar la causa del desastre de su mundo, que es dominada por Iblís, un monstruo de fuego. En sus esfuerzos y búsquedas, conoce a Mephiles The Dark, quien con fines malignos, le dice que Sonic es el responsable de que su hogar este en ese estado; Mephiles envía a Silver al pasado diciendole que debe asesinar a Sonic, la "Semilla del Ibilis" (Ibilis Trigger en ingles) para cambiar el tragico destino de su mundo. En el lapso de la historia, se encuentra con algunos personajes, entre ellos Amy Rose, la cual se acerca a él confundiéndolo con Sonic. A medida que pasa el tiempo, Silver se enfreta a Shadow, quien le relata la verdad sobre Mephiles The Dark, y descubre que todo fue un engaño. Shadow y Silver descubren la forma de sellar a Iblís. De vuelta en su mundo, tras derrotar a Iblís, Silver trata de sellarlo dentro suyo, pero cuando lo intenta con 2 Chaos Emeralds, la energía lo rechaza. Blaze se ofrece entonces para encerrar a Iblís dentro de ella, diciendo que la aceptará ya que su alma ya arde en llamas. Tras hacerlo le dice a Silver que la selle en otra dimensión junto con Iblís, pero Silver no es capaz de hacerle eso a su amiga, por lo que Blaze se desvanece por sí misma. Sin embargo después Silver, transformado en Super Silver, junto con Super Sonic y Super Shadow, derrota a Solaris, la verdadera forma de Iblís tras unirse con Mephiles, haciendo que todos los sucesos relacionados con estos dos nunca hayan ocurrido. Por tanto se supone que tanto Silver como Blaze pasan a vivir en un futuro en el que Iblís nunca ha aparecido. Silver junto a Blaze, se muestran siempre bastante unidos entre sí, incluso en el final del juego Silver lamenta mucho la perdida de su amiga Blaze, lo que demuestra de que Silver siente por Blaze algo más que amistad.
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